朱元璋每次吃饭，马皇后都亲自操持，如果在饭菜上出了什么问题，马皇后都一力承担，绝不会牵扯其他人。对于那些受宠有孕的妃子，马皇后则仔细安排人员照顾，大臣们的妻子们来拜见时，马皇后也不会端着皇后的架子来接见她们，而是像家人一样对待她们，令其倍感亲切。朱元璋有一次因宫女服侍不当，大声责骂宫女，马皇后马上也装作生气的样子，并下令将宫女送宫正司，朱元璋对此大为不解，问马皇后她平常那么和善的人怎么也这么大火气，马皇后则笑着答道“皇上在生气之下所做的处罚可能会加重，我将她交给宫正司，这样就能正常处罚了。”朱元璋又问道“你不是也生气了吗？”马皇后答道“我是帮陛下生气呀，我生气了，陛下就少生一点气！”朱元璋听了之后哭笑不得。
为了更好地管理后宫，马皇后询问宫中的女史们，哪一朝的家法最好，女史们回答宋朝的家法最好，于是马皇后干脆就让她们把宋朝后妃的行为规范从史书中抄录出来，做成小册子，自己经常翻阅学习。有人曾劝告马皇后说宋朝的家法过于仁厚，马皇后反问道过于仁厚难道不比过于刻薄好吗？
在对于后宫子女上，马皇后更是做到了无论是否亲生，都一视同仁地对待。每当朱元璋和子女有什么矛盾的时候，马皇后都会主动斡旋。在得知皇子们开始攀比时，马皇后将所有孩子都叫到一起，教育他们古代圣人是如何做的，他们的父皇又是如何做的，他们现在应该做的是好好读书，开明心志，不可沉迷于奢侈并心生攀比。因此，马皇后虽然仁厚，但是在王子公主中的威望很高。举个例子，马皇后的儿子朱橚（还有一种说法称朱橚生母为碽妃）被封为周王并就藩开封，由于朱橚小的时候就比较调皮，长大了性格也比较放荡不羁，所以马皇后十分不放心，于是委派江贵妃同行监督，并赐给江贵妃自己身上穿的一件旧衣和一根木杖，告诉江贵妃如果周王不听话，江贵妃就穿上马皇后的衣服拿着马皇后给的木杖，代表马皇后体罚周王，如果这样周王还不认错，就直接上报朝廷。所以马皇后在世的时候，周王一直都老老实实待在自己的封地，生怕犯错惹马皇后不开心。在对待外戚上，马皇后也特别有原则，坚决不同意朱元璋为自己的家人加官晋爵，因此朱元璋最后只是赐给了马皇后族人金帛而已。