（3）自主招生制度
由于保送生制度出现一些弊端，2001年起，我国又逐渐开始了另一种辅助招生制度：自主招生。自主招生是由学生自荐或各地中学推荐在某方面有特殊才能，或有培养潜质，或综合素质较为突出的优秀学生，参加由高校组织命题、阅卷、录取的考试。自主招生的各高校通过组织笔试和面试两轮考试确定自主招生的对象；考生因此得到在高考中加分的资格。高校在国家有关法规、政策前提下，可以制定自己的招生原则、考试录取办法、年度招生规模和专业收费标准等等。[9]
目前自主招生有三种模式，分别是大部分部属重点大学模式，复旦大学和上海交大模式，以及部分高职院校模式。从申请条件上来看，部署重点大学都有“硬性指标”（如竞赛获奖）；而复旦大学和上海交大的条件较宽泛，注重科技和实践能力；高职院校要求职业大赛获奖或有职业资格。从优惠条件上来看，部署重点大学只是给学生提供加分；而复旦大学和上海交大则以自主招生为主，高考成绩为参照；高职院校则直接通过自主招生录取。[10]
在自主招生院校数上，2001年教育部首次批准的自主招生院校仅有3所，到2010年已增加到76所高校和73所高职院校；在招生比例上，教育部规定自主招生的名额不超过招生名额的5%，2006年复旦大学和上海交通大学将此比例提高到10%；在考试方式上，一直以来都是高校单独出题，2010年清华大学、上海交通大学、中国科学技术大学、西安交通大学和南京大学首次举行五校联考。这些变化都是高校自主招生中具有标志性意义的举措，对我国招生方式多元化的改革起到了重要作用。