由于乡里的、同年的、同门的观念，在政治上也因之而分党立派，乡谊重而国事轻，年谊重而是非乱。谈迁说：
万历末朝士分党，竞立门户。有东林之党，无锡顾宪成、高攀龙，金坛于玉立等废居讲学，立东林书院，而常、镇人附之。有昆山之党，则顾天埈及湘潭李胜芳，苏人附之。有四明之党，则沈一贯，浙人附之。有宣城之党，则汤宾尹，而宁国、太平人附之。有江右之党，则邹元标。有关中之党，则冯从吾，各同省人附之。冯尝督学山西，则山、陕合。冯、邹又讲学相善，又江右、山、陕合也。闽、楚、粤、蜀远不具论。庚戌大计，江右淮抚李三才庇东林而诸党左矣。时攻东林俱见罪，四明至楚粤无一人台省者。天启初东林独盛，起邹元标，而江右亦东林也。江夏熊廷弼原江右籍，楚东林也，福清叶白高、归德侯执躬秉政，天下咸奔走焉，仕途捷径，非东林不灵，波及诸生，如复社、几社不一而足，家驰人鹜，恐汉末标榜不是过也。(112)
大致地说，可以分为东林和非东林两派：
万历三十八年……先是南北言官群击李三才、王元翰，连及里居顾宪成，谓之东林党。而祭酒汤宾尹、谕德顾天埈各收召朋徒，干预时政，谓之宣党、昆党，以宾尹宣城人，天峻昆山人也。御史徐兆魁、乔应甲、刘国缙、郑继芳、刘光复、房壮丽，给事中王织徽、朱一桂、姚宗文、徐绍吉、周永春辈则力挑东林，与宾尹、天埈声势相倚，大臣多畏避之。(113)